Fruktträdens största och kanske värsta skadebringare är svampsjukdomarna. Tyvärr är de väldigt vanligt förekommande och de är inte ovanligt att de drabbade träden och aldrig återhämtar sig igen efter ett insjuknande. Om ditt eller dina frukkträd drabbas av en svampsjukdom gäller det att vara väl förberedd och att veta vilka åtgärder som du bör ta till. Inte bara för att fruktträdet ska överleva, du bör även vidta åtgärderna för att fruktträdet i fortsättningen ska fortsätta att producera sin frukt. Du bör inte ta bort trädet fören det är så sjukt att det inte längre producerar frukt. Om det har gått så långt är det dock bättre att plantera ett nytt fruktträd, istället för att försöka rädda det sjuka. Ett träd som inte längre producerar frukt bör inte heller längre kallas för fruktträd, utan istället betraktas som ved.
Bland skadedjur på fruktträd räknas bland annat kaniner, sorkar och andra gnagare in, men även älgar räknas till dessa skadedjur. De större gnagarna orsakar stora skador på fruktträden, framför allt då vi i Sverige har vintrar med mycket snö då gnagare har svårt att hitta föda. Det är främst barken på fruktträden som gnagarna är intresserade av. Främst drar de sig till de yngre fruktträden och de väljer helst att äta utav äppelträdets bark före andra träds bark. För att på bästa sätt hålla dem på avstånd kan du sätta upp kycklingnät runt omkring trädets stam. Skyddad stammen till en hög höjd eftersom gnagare som harar kan nå långt up när de står på bakbenen och på snö. Har du inte tillgång till kycklignät är en annan metod att strö ut av blodmjöl runt fruktträdet. Blodmjölet är ofarligt för djuren men eftersom de inte tycker om lukten håller de sig på avstånd. Efter exempelvis regnskurar eller snöfall behöver du strö ut en ny dos med blodmjöl.
Även älg och rådjur är intresserade av frukt och blad från fruktträden och bästa sättet att hålla dem på avstånd är att inhängna din trädgård med exempelvis ett staket.
Till de mindre skadedjuren på fruktträd kan exempelvis rött spinnkvalster nämnas. Dessa kan övervintra på trädet. Du kan titta efter dess röda ägg som vanligen sitter i täta samlingar på barken eller under grenarna. Rödspinnägg kläcks i slutet av april till i mitten av juni och då är de larver som sedan utvecklas till kvalster. Som vuxna har de en mörkröd färg.
Ett annan vanligt kvalster på fruktträd är växthuskvalster och spinnhårskvalster.
Vid ett kraftigt angrepp av dessa två får bladen en bronsaktig färg och man kan se fina spinntrådar på undersidan av bladen. Angreppen kan leda till att trädet tappar blad och även ger en dålig avmognad på årsskotten och ger små frukter med dålig färg.